La storia della città si intreccia con quella più antica sull'origine dell'uomo. Risale infatti al 1994 la scoperta, nelle campagne cepranesi, dell'esemplare di "Homo" più antico conosciuto in Europa. Argil, così si chiama, è l'uomo che può rappresentare il "nonno " di tutti noi. 

Il sito sul quale sorge l'odierna Ceprano si sviluppò contemporaneamente alla colonia latina di Fregellae (328-125 a.C.), poiché vi sorgeva un abitato (Fregellanum) nel punto in cui la via Latina, proveniente da Roma, attraversava il fiume Liri tramite un ponte.

Col nome di Ceparanium, forse derivato dal nome della famiglia Ceparia, la città acquistò rilevanza nel medioevo per la sua posizione geografico - militare e fu al centro di importanti avvenimenti storici.

Qui papa Gregorio VII investì Roberto il Guiscardo del trono di Puglia; qui, nella cappella di Santa Giusta, Federico II nel 1230 fu assolto dalla scomunica; qui venne re Manfredi a giurare fedeltà a Innocenzo IV e subì l'umiliazione di attraversare tutto il ponte sul Liri reggendo, in segno di sottomissione, le briglie del cavallo del papa; e, più avanti nei secoli, qui Gioacchino Murat si scontrò con le truppe austriache e fu sconfitto.

In parte nel territorio di Ceprano sorge il parco archeologico dove si stanno effettuando scavi sistematici per riportare alla luce l'antica Fregellae. Molti reperti sono custoditi nel locale museo. Da visitare inoltre la chiesa di Sant' Antonio Abate (sec. XVI), un capolavoro monumentale restaurato di recente unitamente al caratteristico Convento